Aunque su carrera comenzó en la infancia, incluso actuando junto a su hermano, River, puede argumentarse que el punto de inflexión en la carrera de Joaquin Phoenix fue su actuación como el villano Cómodo en Gladiador, de Ridley Scott. Su trabajo le valió su primera nominación al Oscar, además de que definió la clase de papeles por los que sería más conocido en el futuro.
A lo largo de su carrera, Joaquin Phoenix ha acostumbrado a tomar descansos esporádicos de algunos años, para luego volver a lo grande. Luego de una extravagante broma con el falso documental I'm Still Here, Phoenix protagonizó The Master, película de Paul Thomas Anderson sobre la vulnerabilidad de los marginados a las sectas. Considerado uno de sus mejores papeles –explosivo, errático e iracundo, similar a otros de sus roles–, esta película le mereció la Copa Volpi del Festival de Venecia, además de otra nominación al Oscar.
Otro de sus papeles icónicos está en el extremo opuesto del espectro. En Ella (Her), Joaquin Phoenix interpreta a un hombre solitario y taciturno que, atrapado en un empleo rutinario y ante un inminente divorcio, encuentra refugio en una inteligencia artificial (voz de Scarlett Johansson), de la que se enamora. Phoenix sería nominado como Mejor actor en los Globos de Oro.
En esta película de Lynne Ramsay, Joaquin Phoenix brinda una de las actuaciones más interesantes de su carrera, una que además le mereció el Premio a Mejor actor en Cannes (además de Mejor guión para Ramsay). Nunca estarás a salvo (You Were Never Really Here) es la historia de un mercenario contratado por un político para salvar a su hija, y aniquilar a la organización criminal responsable. Aunque algo hay de violencia, no se trata de ver a Phoenix convertirse en otro héroe de acción genérico, sino de presenciar a un hombre luchando con sus traumas y su deseo de violencia.
En esta tierna película del director Mike Mills (Beginners), Phoenix entrega una inusual actuación contenida, sin sus acostumbradas explosiones de emoción, pero no por ello es menos sincera. Aquí, él es un periodista que viaja por el país para un reportaje con niños, mientras cuida de su sobrino. No hubo premios aquí para el actor, pero se trata de un despliegue de otra faceta de su talento.